PubMed医学文献检索服务系统，其检索内容包含MedLine，PreMedline（不含Mesh检索主题词）医学文献数据库及其他电子出版文献。
1.PubMed基本检索方式(Basic PubMed Search)
进入PubMed基本检索方式主页，在检索框中可以输入任意词，包括文献作者，出版杂志等：
键入一个或多个检索词(可以为任意词)，如protein disulfide isomerase ,也可以输入缩略名如pdi等；输入多个词时，可自动识别成词组；但词数太多时，则以逻辑与的方式识别，如可以将protein disulfide isomerase识别成一个词，也有可能将其识别成“protein AND disulfide AND isomerase”尤其是出现数字等符号时不易识别成词组；
对PubMed不能识别检索的词组，需加引号强调，如键入： “Insight II”
以文献作者方式检索，作者名的输入格式为： 姓+名
如输入：Freesman DJ ，其中“姓”为全称，“名”则为首字母简写形式（ “名”可以省略)；
键入的杂志名称可以是全名，也可以是杂志名的MedLine缩写格式
或ISSN杂志号(见
期刊浏览)。
检索时可在词尾加“*”号检索所有具有同样词头的词。如键入：biolog* 可查得biology或biological等词。
PubMed可将多个词以词组形式查询，对PubMed不能识别检索的词组，需加引号强调，如键入：
“Insight II”
将识别成词组“Insight II”以方式查询，若键入：
Insight II
则有可能分开识别成“Insight” 和“II”两个词，以逻辑与“Insight AND II”的方式进行检索。
词与词间可用AND、OR或NOT逻辑进行连词检索。
键入检索词后，别忘了选择检索年限(30天，10年不等)及选择文献的页面显示数目。
按Enter回车键或鼠标击话界面中的“Search”按钮可得到查询文献提要(document summary page)。
2.PubMed高级检索方式 (Advanced Search)
与基本检索方式不同的是增加了检索范围(search fields).和检索模式(search mode)的选择框。
在检索范围 Search Fields 选择条框中，包含了
All fields[ALL],指PubMed所有检索范围；
Affiliation[AD，AFFL]，指联系地址，包含第一作者(主要作者，Primary author)或其他作者的研究所和联系地址；
Author Name[AU，AUTH]，包含文章的所有作者，格式为“姓+名(首字母大写)”；
E.C. Number[RN，ECNO]，指酶学委员会统一规定的对每一个酶的特定的编号，同时也包括CAS登记号；
Journal Title[TA，JOUR] 指文献出版杂志的名称；
Language [LA，LANG]指文献语种；
MeSH Major Topic[MAJR] 包含MEDLINE检索系统认为最重要的MeSH医学主题词表；
MeSH Terms[MH，MESH], 包含所有用来检索MELINE的医学主题词(Medical Subject Headings)；
Modification Date[MDAT],指文献收入PubMed的日期(年－月－日，如97-Jul-26)；
Page Number[PAGE]指文献在杂志中的起始页；
Publication Date[DP，PDAT]，指文章出版日期(年－月－日)；
Substance[NM，SUBS]，指与文献相关的化学物质在化学文摘检索(Chemical Abstract Service, CAS)中登记的名字和在MEDLINE库中的物质名称；
Text words[TW，WORD]，包括文章标题目，摘要中出现的所有述词以及MeSh词表和化学物质名称中的个别词；
Title words[TI，TITL]，仅包括文献记录标题中的词；
Volume[VI，VOL] 指文献所在杂志的出版卷次；
Medline ID[UI，MUID]指MedLine给每条引录文献的特定标识号；
PubMed ID[PMID]指PubMed给每条引录文献的特定标识号。
最好采用Entrez检索系统作进一步精细查询
在检索模式(Search Mode)选择框中，包含自动检索累计(Automatic)和检索词列表(List Terms)检索模式：
“Automatic”模式：
将对检索框中键入的词按逻辑与(AND)的方式检索，不仅自动显示检索到的符合文献数，而且在“修写当前查询内容(Modify Current Query)”显示框中分别显示单个词的累计文献数。可进行查询修改，以逻辑或(OR)、逻辑否(NOT，BUTNOT)等方式检索。亦可在“添加限制查询述词(Add Terms to Query)”的栏目中键入其他限制述词。
“List terms”检索词列表式检索：
在检索框中键入一个或多个文本述词(text words)、关键词(key words)或文章作者，将检索到所有以给定词开头的词或词组的文献数目。选定其中的词或滚动条框框外词(scroll list up/down)作进一步的检索结果显示，选择多个词的话，则会显示各个词相应的文献数累加结果。显示检索数目后，与“Automatic”模式一样，可作“增添限制述词检索(Add Terms to Query)”或“修改当前检索内容(Modify Current Query)”。
显示检索文献 (Retrieving Documents)
当检索结果的文献数目较少，且能满足需要时，按“Retrieve（检索）”按钮即显示检索到的文献内容列表，包括文献的标题(title)，作者(author)及出版杂志、页码及日期(年)，这个列表称为文献摘引列表(Document Summary Page)。
可根据需要显示详细内容，每条文献均有好几种显示格式：
①Citation report(引录格式)包含引录杂志，文章标题，作者联系地址，摘要，MeSh词，化学物质规范名，以及MedLine和PubMed特定标识号。
②Abstract report(摘要格式)包含引录杂志，标题，作者，地址或联系处以及摘要。
③MEDLINE report(MEDLINE经典格式)可用来下载并收入目录型数据库(bibliographic database)。
④ASN.1 report (ASN.1格式) 指文献整个的结构格式，显示相关蛋白质或核苷酸的相关文献。
在某些文献还能连接到提供全文的杂志。
查询结果的显示选择
查询结果的显示选择框(Display)中有8种显示方式可供选择，可按各自需要获取信息。
引录格式(Citation report)
摘要格式(Abstract report)
MEDLINE.格式(MEDLINE report)
ASN.1格式(ASN.1 report)
MEDLINE网邻(MEDLINE Neighbors)
蛋白质数据库相关蛋白质(Protein links)
核苷酸数据库相关基因(Nucleotide links)
相关基因组(Genome links)
如在Protein links显示选择中能检索到相关蛋白质，还能进一步报告这些相关蛋白质的详细信息：
基因推导的蛋白质序列(GenPept report)
MEDLINE相关文献(MEDLINE links)
类邻蛋白质(Protein neighbors)
FASTA格式(FASTA report)
核苷酸数据库相关基因(Nucleotide links)
ASN.1格式(ASN.1 report)
结构数据库相关结构(Structure links)
相关基因组（Genome links）
