山东大学医学伦理学学科可以追溯到齐鲁大学医学院时期，1981年原山东医科大学开设“医学伦理学”课程，当时主要是对医学生开展医德教育。2001年合并后的山东大学，将该学科发展成为医学专业的基础课程，不仅向医学生传授职业伦理知识，而且还培养医学伦理思维能力，培养他们在临床实践和医学科研中发现、分析和解决医学伦理难题的能力。
近几年来，该课程在山东大学得到很大的发展。医学伦理学研究所的前身是原山东医科大学社科部德育教研室医学伦理学教研组，2001年新的山东大学成立，医学伦理学学科划归医学院，医学院成立了医学伦理学研究室。在医学伦理学研究室和医学心理学研究所的基础上，2002年4月山东大学人文医学研究中心成立。2005年3月，医学伦理学研究室发展为医学伦理学研究所。
医学伦理学研究所现有教授1人，副教授2人，讲师3人。除开设医学伦理学和医学法学基础课外，还开设医院管理学、实用法学、传统文化与死亡教育、哲学与人生等专业选修课和生命伦理学素质通选课。
该研究所在全国第一个招收人文医学专业（医学伦理方向）的博士研究生，并已经连续4年招收医学伦理学方向的硕士研究生。
该研究所注重教材建设，先后主编《社会主义医学伦理学》（李文鹏，山东人民出版社1981年版）、《实用医学伦理学》（吴祥廉，山东人民出版社1989年版）、《医学伦理学》（李文鹏，山东大学出版社1993年版，该教材被山东省指定为华东自考通用教材）、《医学伦理学》（陈晓阳、曹永福，山东大学出版社2002年第一版；2006年第二版，被指定为山东省医师继续医学教育教材，印刷7万余册）。该研究所现已中标、并将开始主编卫生部“十一五”临床医学专业规划教材《医学伦理学》，并已经参编卫生部和教育部的“十一五”规划教材《医学伦理学》4部。
该研究所非常注重教学研究和教学改革，先后进行六项教改项目，取得多项教改成果，并在教学中加以使用，取得较好的效果。
该研究所承担了“医患关系的法律调整研究”、“市场经济条件下医院无形资产管理经营的理论研究”、“医学伦理在临床医学和医学科研中的应用研究”等多项研究课题，并获山东省软科学一等奖等多项科研奖励。
该研究所成立后，注重加强与国内外学术机构的学术联系。现已与北京大学医学部、东南大学、台湾阳明大学、台湾中央大学、台湾铭传大学、香港城市大学、香港理工大学、香港浸会大学、新西兰奥塔戈大学、加拿大蒙特利尔大学、美国莱斯大学等大学的有关学术机构建立了学术合作和交流关系。
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