职业病科是北京大学第三医院最具特色的科室之一，已有40余年历史，在国内外均享有很高声誉，是我国开设最早的职业病临床科室，北京市卫生局批准的法定职业病诊断单位，国家和北京市职业病诊断鉴定委员会的重要成员，也是我国唯一的职业病临床专业博士培养点。
职业病研究中心前身为北京医学院第三附属医院内科职业病专业组，始建于1959年，由内科著名教授王世俊亲自创建，1972年正式改组为职业病科，并设立职业病研究室。1985年职业病科扩建为职业病研究中心，设临床部（职业病科）及研究部（职业病实验室），为北京医科大学第一批组建的十大研究中心之一。并成为我国集临床、教学和研究为一体著名的职业病学术机构, 是我国唯一的职业病临床专业博士培养点。
职业病研究中心的主要研究领域为化学中毒、尘肺及化学性免疫疾病；其提供的医疗服务除本院门诊住院病人的诊治外，还担负本市和全国各地急重症职业性疾患的抢救、会诊，以及疑难职业病的诊断鉴定、职业病致残程度鉴定等重要任务。
这里汇集了一批国内著名的职业病专家，如王世俊、史志澄、刘镜愉、赵金垣等教授均为国内知名学者，是国家级有突出贡献的科学家，均享受国务院颁发的政府特殊津贴，在化学中毒（如重金属中毒、中毒性肾病等）和化学性哮喘诊治、尘肺功能诊断等领域尤有突出贡献，并在国内各学术团体及学术刊物担任重要职务。
1998年以来，该中心根据自己的专业特点及学术专长，不断扩大医疗服务范围。如职业中毒专业已将主攻目标从工业性毒物扩大到所有化学病因，包括药物、农药、环境毒物、生活化学品、有毒动植物、嗜好品，甚至军事毒物等。
在国内率先开设“化学中毒门诊”，并为各种样品（血液、尿液、食品、药品等）、各种毒物（有机磷、有机氯、铊、甲醇、未知毒物等）提供检测服务，填补了我国在该医疗领域的空白；
国内发生的几次诊治难度较大的隐匿性铊中毒事件（北京大学、河南洛阳、山东东营、陕西临潼等），俱在该研究中心处置或指导下得到顺利解决。
尘肺专业则增加了环境性肺病门诊，将环境污染物等引起的肺部损害列入诊疗范围。化学性免疫病专业除原有化学性哮喘诊疗服务外，还开设过敏性鼻炎门诊，为病人提供了方便，受到广大患者的欢迎。
数十年来，职业病研究中心一直承担本科生、进修生、研修生、研究生等高级专业人才教学任务，迄今已培养本科生1000余名，博士、硕士研究生近30名，进修生40余名，举办全国性学习班近20次，学员达1000余人次，是国内最有影响的职业病临床专业人才培养基地。
40余年来，该研究中心共承担国家级、省部级及国外协作课题等重大科研项目30余个，曾连续6次获得国家自然科学基金资助，4次获得教育部博士点科研基金资助，5次参与国家重点攻关课题研究工作，共发表研究论文500余篇，出版专着10余册，参加国际学术会议大会交流30余次，获得国家级、省部级奖10余项，仅近5年，该科即获得1项中国高校科技进步二等奖、1项北京市科技进步三等奖、2项中华医学科技二等奖及1项国家科技进步二等奖。
北京大学第三医院不仅设有专门的职业病科，而且从建院一开始就在眼科、皮肤科、耳鼻喉科、口腔科以及放射科等主要临床科室配置专业人员和仪器设备为特殊职业性损害提供专业服务，使北医三院成为在全国范围内，为数不多的、能为涉及各学科范围的职业病提供高水平诊断、治疗及健康监护服务的医疗单位。《中华人民共和国职业病法》出台后，北医三院通过了北京市卫生局组织的职业卫生技术机构资质审定检查，于2003年被批准成为北京市首批具有几乎覆盖所有职业病范围的诊断、治疗及职业健康监护资质的合法医疗机构，使职业病诊疗工作得以更加规范、细致地进行。北医三院目前正在进行全院门诊、病房和硬件设备全面的更新改造，可以预料，在不久的将来，她一定能以更精良的仪器设备、更优质的医疗技术、更科学便利的条件，为广大劳动者提供更好的服务。
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