学院现有基础医学院、临床医学院、口腔医学院、儿科医学院、公共卫生学院、护理学院、卫生技术学院和检验系、营养系、生物医学工程系、药学系等18个二级学院（系），7所综合性附属医院及3所专科性附属医院，15所教学医院及教学中心。有临床医学八年制硕博连读专业、八年一贯制临床医学专业、临床和口腔2个七年制专业及临床、口腔、医学检验、护理、生物医学工程、公共事业管理、营养、市场营销、药学9个本科专业。有博士后流动站4个，一级学科博士点5个，二级学科博士点51个，二级学科硕士点48个。目前在校本科及以上学生6275名，其中研究生占近50％。
学院现有教职医护员工13000余人，其中具有高级职称的在职人员1394名；中国科学院院士1人，中国工程院院士10人，国家“973”项目首席科学家4人（6项）；长江学者计划讲座教授1人；获国家劳动人事部授予有突出贡献中青年科技专家称号的10人；国家“杰出专业技术人才”2人，国家杰出青年基金获得者7人，教育部“跨世纪人才计划”3人，卫生部“有突出贡献中青年专家”3人，享受国务院颁发的政府特殊津贴293人。1人获首届“上海市教育功臣”称号,3人获“上海市科技精英”称号，1人获世界十大杰出女科学家提名奖。市级以上重点学科带头人36人；博士生导师206人，硕士生导师571人；200人次在国际学术机构及国内一、二级学术团体内担任要职。
