唇腭裂的治疗并非一二次手术就可完成的 ，应随着患儿的生长发育各个阶段所出现的问题,有多学科的专家合作加以解决，称为序列治疗。大致包括：1、 唇裂修复术 3~6月时
腭裂修复术 1~2岁
牙槽突裂修复术 9~11岁
腭咽成形术 5~6岁
鼻唇畸形治疗 13~15岁
颌骨发育畸形治疗 18岁以后
2、 正畸治疗：
12~14岁，牙槽突裂植骨术前后
3、 语音治疗：4~6岁
4、 心理治疗：伴随心理发育而定
5、 耳鼻喉科治疗：腭裂修复术前后
并非每个病人都要作以上全部治疗，要视具体病情而定。
唇腭裂的治疗是由多个学科的专家（包括口腔外科、正畸科、整形外科、耳鼻喉科、语音治疗科等）共同协作，制定出适合每个不同患者的治疗计划及具体实施时间表，这就是综合序列治疗。
一般来说，整个治疗分为5个阶段：
第一，手术前处置。唇腭裂患儿的出生对父母来说无疑是严重打击，这就更需要为他们付出更多的爱心。医生要对患儿进行登记，以便以后进行长期随访。妇产科和小儿科医生对患儿进行全面体检，并解答有关问题，指导正确的喂养方法，告知患儿亲属在整个唇腭裂序列治疗过程中的注意事项。
第二，唇裂修复手术。一般单侧唇裂修复手术在患儿3～6个月进行，而双侧唇裂手术多在6～12个月左右进行。
第三，腭裂修复手术。大多选择在患儿12～18个月时进行。
第四，手术后处置。虽然这时腭部的裂隙已补好，但可能患儿的发音还带有浓重的鼻音，术后半年之内应检查患儿的发音状况，并早期进行语音训练，若发音仍未明显改善，到4～5岁左右可考虑作二次咽成形术。另唇腭裂患儿往往伴有牙齿不齐的情况，可进行牙齿的正畸治疗。
第五，颌骨及面部继发畸形的治疗。对于严重唇腭裂患者，9～11岁是进行牙床裂植骨修复的理想年龄。另外，由于手术很难一次性满意地矫治所存在的鼻唇和颌骨继发畸形，应在患儿生长发育完成后（男性17-18岁，女性15岁）进行二次整复手术。
唇腭裂的治疗过程贯穿整个生长发育期，需要患儿家长与医生的密切配合，只有这样，才能获得较理想的治疗效果。
