在冬木镇地脉的最中心,地下的大空洞中,间桐脏砚终于被无法控制的暗之间桐樱撕得粉碎。被暗之Saber阻拦的卫宫士朗以自己的身体为剑鞘做出了‘无限剑制’,自体内而生的无数刀刃终于破坏了Saber的躯体。暗之Saber也许终于回复了原先的记忆,没有任何挣扎,也没有对眼前的士朗说一句话,只是睁着眼睛默默的消失在物质界……远坂凛仿制出了搭载第二大魔法的宝石剑,以自身躯体的崩溃为代价破坏了间桐樱周围的污浊魔术,然而就在宝石剑要斩下间桐樱的头颅的时候,远坂凛却任由间桐樱绝望的反击贯穿了自身。最后时刻的远坂凛终于抱住了震惊的间桐樱,承认自己无论如何也下不了决心结束自己妹妹的生命……
最后的时刻终于来临了……‘世间最纯粹之恶’终于脱离了间桐樱,开始在物质界形成新的躯体。卫宫士朗让英灵Rider带着垂死的远坂凛和昏迷的间桐樱脱离了大空洞,准备留下来让Archer的手臂反噬自身,以此来制造足够大规模的‘无限剑制’而与诞生的恶魔的同归于尽。就在此时,突然出现的Illyasviel废除了士朗最后的行动力,随后以属于她自身的意识的分解为代价启动了作为真正圣杯的机能,将‘时间最纯粹之恶’的魔力重新逆转,发动了第三大魔法‘天之杯’,提取了肉体已经完全崩坏的卫宫士朗的灵魂,重塑了物质化的身体…………
【3.5:Epilogue】
远坂凛在世界魔术师协会的资助下以在英国‘留学’的名义接受魔术师协会委任的300人调查团的调查、弹劾与审判。各部门皆以‘私自发动第二大魔法’为契机和借口试图争夺远坂家族名下所有财产和地脉的所有权。但是远坂凛却出人意料的被第二大魔法真正的掌握者和使用者——能够在平行世界中旅行的年迈魔术师,宝石翁——收纳为徒,同时强硬的担保其无罪被协会赦免。
间桐樱接手了间桐家族和远坂家族名目下的所有业务,坚强的生存下来。由于刻印虫的自主融合,其躯体仍具有伪圣杯的技能。不管自愿与否,都仍然能够和巨大的魔力源相连通。但也正依赖于源源不断的魔力的支持,间桐樱仍然能够保持其生命的延续,同时维持Rider物质化的形体。之后间桐樱将间桐家族名目下所有的藏书变卖给魔术师协会,得以私下购入了自中古流传下来的空白人偶,以此承载从地下大空洞捡回的卫宫士朗的物质化灵魂体。
卫宫士朗侥幸的被Rider捡回,存活于空白的人偶躯体之中。发生在冬木镇的关乎世界的命运的大事已经结束了,属于他与间桐樱的人生才刚刚开始……