首医的校园比较小，当然二医也比较小，附属医院里面有些还是很强的，不过撒首医的教学医院里面综合医院不太多，朝阳，同仁算是综合一些的医院，但是比起瑞金，仁济还是相对窄一些。二医附属上海九院骨科与烧伤类似积水潭，差距不是很大，也有2个院士，九院口腔应该可以相比首医所属北京口腔医院...类似的情况很多，二医和首医有很多相似之处，不过总体上应该强过首医不少，首医的综合医院还是不够强。基础科研上，二医和中科院联合太多，首医差距比较大的。
教学医院：
首医：
宣武医院 儿童医院
友谊医院 口腔医院
朝阳医院 安定医院
同仁医院 妇产医院
天坛医院 中医医院
安贞医院 康复中心
复兴医院 疾控中心
佑安医院
二医：
瑞金医院 仁济医院 新华医院
第一人民医院 第六人民医院 第九人民医院
宝钢医院 儿童医学中心 儿童医院
胸科医院 上海医学遗传研究所 上海肿瘤研究所
重点实验室：
首医：
教育部省部共建实验室——神经变性病学实验室
重点实验室（市级）——神经再生修复研究实验室
重点实验室（市级）——肝脏保护与再生调节实验室
重点实验室（市级）——多肽及小分子药物实验室
二医：
上海市伤骨科研究所
上海市高血压研究所
上海市儿科医学研究所
上海市内分泌研究所
上海市免疫学研究所
上海市口腔医学研究所
上海市消化疾病研究所
上海市生物医学工程研究所
传统医学研究中心
上海市生殖医学研究与培训中心
上海市血液学研究所
上海市烧伤研究所
上海市整复外科研究所
上海市小儿先天性心脏病研究所
上海生物材料研究测试中心
上海市消化外科研究所
卫生部消化疾病重点实验室
卫生部内分泌代谢疾病重点实验室
卫生部人类基因组研究重点实验室
上海市医学检验重点实验室
上海市激光医学研究重点实验室
上海市生殖医学重点实验室
上海市组织工程研究重点实验室
上海市高等学校细胞生物重点实验室
上海市中西结合防治骨关节病损重点实验室
上海市血管生物学重点实验室
国家药品临床研究基地
上海市人类基因组研究重点实验室
卫生部内科消化疾病重点实验室
卫生部内分泌代谢病重点实验室
上海市风湿病研究所
上海市男科学研究所
教育部功能基因组学和人类疾病相关基因研究重点实验室
上海市发育生物学重点实验室
医学基因组学国家重点实验室
上海市脂肪性肝病诊治研究中心
其他重点学科等方面也是类似。
