楼主所说的似乎与实际有出入的。
合校之前，山医是一个整体，下属基础医学院，临床医学院，护理学院，药学院，共卫学院等，实际上有利于教学安排。 合校之后，最大的基础医学院与临床医学院实际上已经合并成一个医学院，而其他的护理，药学，共卫等已经与这个学院平级，附属医院更是与医学院平级，不存在谁管理谁的问题，和上面东南大学是一样的。这样，学院之间的关系变成各学院互不需要买账的关系。对于医学相关资源的统筹缺少统一管理的。特别是对于医院教学，医学院基本要靠各个医院的副院长去管理，医学院本身不能管理附属医院。口，卫，护等基础医学课程的教学安排和要求，互相之间责任变得不太明确了。也就是说，口腔，护理等在医学院上课，实际上是一种教学合作关系。
与上面说的恰恰相反，国内合并后的许多医学院都是采取相对独立，保持原有教学体系的方式，而不是把医学院并行与其他学院之上。例如北京大学医学部，四川大学华西医学中心，吉林大学白求恩医学部，复旦大学上海医学院，中山大学中山医学院，中南大学湘雅医学院，华中科大同济医学院，清华大学协和医学院等等，而不是我们这样直接就分成山东大学医学院，山东大学口腔医学院，山东大学护理学院等等。上二医合并之后，他们的附属医院还是成为上海交通大学医学院附属瑞金医院，仁济医院等，而原来交大自带的附属医院，则成为上海交通大学附属第一人民，第六人民。
这种管理体系的不同，是可以反映一些这个学校是不是把医科看作一个特殊的学科，是不是一种特殊的教育思想，而不是等同于理工一样的办学思想。
当然，湘雅，同济，华西等保留原来名字的同时，也保留了那种号召力。
